随着改革开放深入发展，农业深层次问题不断浮出水面，特别是农业产业安全、粮食安全和农产品质量安全问题，已成为制约我国农业发展的根本问题。产业安全是前提，必然的联系到粮食等重要农产品供给能力的保障；粮食安全是基础，事关13亿人民的饭碗和社会稳定；农产品质量安全是目标，关系到每个居民的身体与营养健康。目前，农业三大安全问题已引起社会高度关注，“三大安全”紧密关联、互为因果、相辅相成，必须着眼全局、统筹兼顾，构建农业全方位的安全体系，才能确保我国的民生安全和国家长治久安。
习提出“让农业经营有效益、让农业成为有奔头的产业、让农民成为体面的职业”，强调了效益对于农业发展的重要性。近年来，随着我们国家主要农产品生产所带来的成本持续攀升，国内粮棉油糖价格开始高于国际价格，内外价差逐步扩大，给国内农业产业安全带来新的挑战。
(一)大宗农产品内外价差逐步扩大随着劳动力、土地、环境保护等成本逐步的提升，我国农业已进入成本快速上涨期。2006-2012年，我国水稻、小麦、玉米、棉花、油菜籽、甘蔗生产所带来的成本年均增长分别为11%、11.3%、11.8%、12.8%、15.7%、13.4%，但上述产品同期价格年均增长分别为9.4%、7.1%、9.8%、7%、13.3%、10.2%，价格涨幅均低于成本涨幅，大宗农产品内外价差逐步扩大。2008年，除大豆外，我国大宗农产品国内价格都低于国际离岸价格，到2013年已全面高于国际价格。2014年前5个月，大米、小麦、玉米、大豆、棉花、食糖内外价差分别为每吨318元、451元、924元、1484元、7078元、2766元。
近年来，日益扩大的内外价差使得关税的防火墙作用受到削弱，进口税后价低于国内最低保护价和临时收储价格，导致边收储边进口，政策成本过高已难以为继。2013-2014年度我国临时收储玉米6919万吨，顺价出库困难，库容不足问题突出。棉花临时收储量达到629万吨，受进口影响难以顺价出库，每吨棉花库存1年的利息和维护成本在2000元左右。临储菜籽油高达600万吨，若按当前市场行情报价销售，即使能出库，价差损失超过150亿元。大豆年进口量超过6000万吨，而临储库存积压仍有780万吨。食糖临储库存累计500万吨左右，根据收储价与目前市场推算，加上其他库存费用，隐亏超过200亿元。
受价差驱动，除了三大谷物外，我国棉油糖等主要农产品进口激增。“大豆之殇”，正是我国农业产业安全问题的典型。我国大豆种植户均面积小，难有规模效益，大豆生产所带来的成本比美国高出30%以上。由于大豆市场高度开放，国内大豆养殖比较效益低，导致大豆养殖面积不断减少。黑龙江2013年大豆种植培养面积3000多万亩，仅为高峰期2006年6000万亩的一半。
我国棉花2006年生产所带来的成本比美国低27%，但到2012年生产所带来的成本比美国高22%。2013年国家棉花临时收储价格为2.04万元/吨，拍卖价格为1.8万元/吨，而美国棉花价格仅为9000元/吨，即使按40%配额外滑准税进口，每吨价格也比国内棉花价格低6000元左右。在巨大的差价和进口压力下，不得不主要是依靠临时收储，并导致库存积压严重。2013年末国内库存达1148万吨，库存消费比为144%，占全球库存的60%。内外价差逐步扩大是造成洋货入市、国货入库的根本原因。
食糖近3年进口超出正常缺口500万吨，2012-2013榨季期末库存800多万吨，库存消费比高达58%。食糖进口价格过低，导致国内价格持续下跌。2014年1-4月已跌至4500元/吨，远低于6000元/吨的成本，造成糖企全面亏损，蔗农收入下降。
虽然当前我国粮食进口量并不大，但价差导致进口对国内粮食产业的发展也产生了一定的影响。2013年，因越南籼米价格低，国内企业的进口动力强劲，造成南方籼稻库存积压，销售困难。玉米国内供给和库存充裕，但仍就保持少数的净进口。目前我国三大谷物进口量保持在关税配额之内，但按目前生产所带来的成本和价格增长趋势推算，今后5-7年粮食内外价差将会超过粮食配额外关税65%的水平，届时三大谷物以配额外关税税率进口将成为现实。我国对于征收配额外关税后的进口是完全放开的，这将给“适度进口”的国家粮食安全战略带来挑战。
中央一号文件确立了“以我为主、立足国内、确保产能、适度进口、科技支撑”的粮食安全战略，强调要坚守“确保谷物基本自给、口粮绝对安全”的底线。尽管我国粮食产量十连增、产能达6亿吨且库存充足，但应看到，随着工业化、城镇化进程不断加快，以及农业对外开放影响不断显现的情况下，我国粮食安全面临着新的挑战。
2003-2013年的粮食十连增实际是“波动型的微增”。十年年均增产幅度为3.4%，不同年份增产幅度差异较大，最高增幅是2004年为9%，最低是2009年仅为0.4%，且近三年度增产幅度有逐年减少趋势，在高基数上继续增产难度慢慢的变大。我国粮食发展纲要要求到2020年，粮食产能达5.5亿吨以上，尽管2013年粮食产量已超过该目标，但受耕地面积逐年减少、自然灾害影响和资源环境制约，在农业科学技术没有重大突破的情况下，保障现有粮食产能难度加大。
据专家测算，从1995年到2011年，我国三种谷物和大豆每亩产出量分别增长了29.1%和32.8%，但同期每亩总成本，按照可比价格计算，分别增长了110.2%和91.8%。谷物和大豆的收益率都出现了显而易见地下降。在农产品生产投入增量中，直接生产成本上升是推动农业生产总成本上升的主要推动力量，包括化肥、农药、农膜、机械作业、劳动力等。这些投入占了总成本的80%以上，而且近几年仍在上升。由于粮食价格缺乏高关税保护，难以相应上涨，这就使粮食生产缺乏必要的利益激励。
自2009年我国谷物由净出口转为净进口以来，进口量一路激增。2012年净进口量达1317万吨；2013年净进口量增至1358万吨。2014年1-8月累计进口谷物和谷物粉1208万吨，同比增加84.5%。在国内粮食连年增产、库容紧张的情况下，谷物及相关这类的产品的大量进口进一步加剧了国内“卖粮难”问题。若谷物进口迅速增加的态势延续下去，“以我为主”和“适度进口”的粮食安全战略将受到挑战。
发改委发布的《全国农产品成本收益资料汇编》显示，2011年，种植苹果、蔬菜、花生农产品的每亩净利润分别为4612元、2558元、723元，而种植三种主粮的平均收益只有251元。新型经营主体土地流转后“非粮化”现象较为突出。截至2012年底，全国流转后用于种植粮食作物土地面积为1.56亿亩，占总流转面积的56%，低于全国约68%的中等水准。截至2013年底，有些种粮大省流转后土地“非粮”比例增加了20%-30%。
据2012年中国城市居民生活品质调查报告数据显示，城市居民感到最不放心、最不安全的社会问题是“食品药品安全”。农产品是食品的“前身”，抓好农产品质量安全是保障食品安全的前提，也关系到农业产业健康发展问题。
引发农产品质量安全问题原因较多，一是受农业生产环境影响。据有关专家估算，我国每年因重金属污染而减产的粮食达到1000多万吨，每年受到重金属污染的粮食达1200万吨，造成的直接经济损失超过200亿元。环境污染严重地区的粮食、饲料作物、经济作物、畜产品和水产品等农产品的质量安全都受一定的影响。二是受农业生产技术影响。我国农业生产技术比较落后，非科学使用农药、化肥、除草剂等屡见不鲜。目前我国化肥施用量已达23.8公斤/亩，超过国际上15公斤/亩的安全上限。农药过量施用的问题也比较突出，在一些高产地区每公顷用量高达300公斤以上。我国化肥农药利用率相比来说较低，氮肥的利用率仅为30%-35%，磷肥约为10%-20%，农药仅为10%-30%。三是受经营方式及市场影响。我国拥有2.5亿农户和约50万个农产品加工公司，组织化程度较低，分散经营的模式很难统一，也难以执行标准化生产。这些农产品供应者往往在利润最大化的驱动下，为降低成本，常常忽视农产品质量的控制。
从农田到餐桌整个食物链条中，种、养、收以及初加工等各环节是决定农产品安全的基础。相对于食品安全，农产品质量安全更加难以控制。一方面，农产品生产涉及到亿万农业生产者，相应的生产许可和准入门槛很不严格。面对众多的农业生产经营主体和大量农产品，农产品质量安全监管部门执行的难度较大。另一方面，农产品生产的全部过程中的化肥、饲料、农药、兽药等各类投入品，使用技术千差万别，生产经营者众多，以及农产品种类非常之多，难以全面监管。再加上农产品中微生物、重金属、兽药和农药残留等有害物指标，就目前的检测技术和成本等因素，难以全面检测。
农业三大安全问题，已经对我们国家的经济社会持续健康发展和亿万人民身体健康产生了一定影响，需从战略的高度积极应对。为此，提出如下建议：
产业安全是保障国内农业持续健康发展和农民就业增收的前提。在现有国际贸易格局下，要在未来贸易谈判中坚持粮棉油糖现有关税税率不减让、关税配额不扩大、农业“黄箱”支持空间不削减。要加强产业损害预警，积极利用“两反一保”措施，使贸易救济常态化。要研究建立农业产业损害补偿机制，加强对国内产业的贸易补偿，针对因农产品进口竞争而受损的农业产业和农民提供补偿性援助，确保国内农业产业安全。
要根据“谷物基本自给、口粮绝对安全”的要求，区分口粮、工业用粮和饲料粮不同性质需求特点，明确国内必须保有的基本面积和基本产量，确定农业支持优先重点。要合理确定粮食进口预警阈值，要保证有有效的手段把握进口时机和节奏，确保进口规模适度适当。
一是要强化政府责任，完善财政支农的长效机制。我国“三农”投入逐年稳定增长，但部分特定品种支持量已达WTO要求的8.5%上限，要明确国家对粮食和农业的支持性质，完善财政支农的长效机制。同时，应探索“普惠制”与“特惠制”相结合的政策，使真正从事农业生产的经营主体得到更多补贴。增量农业补贴也应由“黄箱”向“绿箱”政策转变。二是通过制度安排，明确金融部门的支农责任。农村金融服务滞后最根本的原因是，提供农村金融服务的比较收益低。应通过立法等，明确金融机构在支持农业和服务粮食安全方面的责任，国家对涉农贷款亦应予以补贴支持。三是明确大型涉农企业粮食安全方面保障责任。粮食安全不仅是政府的责任，也是全社会的责任。要通过制度和法规规定，对经营大宗农产品且达到一定市场占有率的大规模的公司，实行强制性信息报告制度和库存储备制度，规定规模以上粮油经销企业，必须建立相应规模的粮食安全储备库存，明确其在粮食安全方面的法定保障责任。
要完善“走出去”政策支持体系，加强组织和监管。一是要抓住重点环节，突出重点领域，主攻四周的国家，发挥企业主体作用。二要建立多元稳定可靠的进口渠道，充分的利用双边协定和多边协定，建立互利共赢合作伙伴关系，稳定我国进口来源，尤其是和粮食增产较快、农业生产潜力大的国家和地区，建立稳定的产销关系。三要把推进农业“走出去”与实现市场多元化战略有机结合，提升“走出去”对象国的生产能力，为建立多元稳定可靠的进口渠道夯实基础。四是扶持打造国际大粮商，热情参加全球粮食市场交易，争取掌握粮食价格国际话语权。
(五)保障农产品质量安全提升战略一是要加强政府对农产品质量安全的监管。明确农业部门在初级农产品质量安全标准、检测、监督、认证以及市场准入等方面的主导地位。通过完善法律和法规和加强执法队伍建设，强化农业部门对违法违规农产品的处罚管理权。二是要加快农业标准化步伐。加大农产品标准化生产示范区、无公害农产品示范基地、养殖小区、示范农场、出口产品及原料基地建设力度，发挥示范带动作用。要把农业标准化知识和农产品质量安全控制技术的推广普及与农民教育培训工作结合起来，提高农业管理者和农产品生产者的素质。三是要加快农产品质量安全追溯体系建设。快速推进农产品质量安全溯源技术的应用，以及优质农产品标签制，使农产品信息更加透明、可追溯，从而为建立优质优价的市场机制奠定基础。